正确的滤膜选择是过滤/纯化成功与否的基本条件。过滤的对象依其形态分为液态与气态两大类，而液态再区分为水性液体及有机溶剂两个类别，其中有机溶剂依其极性又分成亲水性及疏水性。因此过滤前必须依样品本身的特性来选择适合的滤膜，简单可区分如下:

①过滤水性液体

采用混合纤维滤膜（MCE）、聚醚砜滤膜（PES）、尼龙滤膜（Nylon）、玻璃纤维滤膜（Glass Fiber）为过滤材料。

常用于亲水性溶液和液体除菌过滤以及颗粒过滤等。

②纯化有机溶剂

采用聚四氟乙烯滤膜（PTFE）、聚偏氟乙烯滤膜（PVDF）、尼龙滤膜（Nylon）为过滤材料，

常用于 HPLC、GC 等溶剂的纯化过滤，此类滤膜需具有良好的化学稳定性。

③过滤气体

采用聚四氟乙烯滤膜（PTFE）、聚偏氟乙烯滤膜（PVDF）, 银滤膜（Silver）为过滤材料

常用于环境、空气污染检测以及气体纯化的需求。

此外在过滤不同的样品时，必须依样品特性配合适合此样品的滤膜材质，再依实验需求选择合适的滤膜孔径大小/滤膜的直径大小(滤膜选择指南)，并配合适当的过滤器材，包含: 过滤漏斗/过滤瓶组/真空帮浦，才能够完成一次完整的过滤实验。